Ketika kapal mendekati alur Pelabuhan Sanur sekitar pukul 15.30 Wita, terdakwa sempat memperlambat laju kapal sembari menunggu kondisi gelombang. Namun, terdakwa kemudian memutuskan masuk ke alur pelabuhan sebelum gelombang besar benar-benar mereda.
Kapal selanjutnya dihantam gelombang besar dari arah belakang hingga kehilangan keseimbangan, terbalik dan tenggelam.
Menurut jaksa, terdakwa yang telah berpengalaman sebagai nahkoda dan mengetahui karakteristik gelombang di kawasan Pelabuhan Sanur seharusnya dapat menentukan waktu yang lebih aman untuk memasuki alur pelabuhan.
Selain persoalan kondisi gelombang, kapal juga diketahui mengangkut penumpang melebihi kapasitas. Berdasarkan Sertifikat Keselamatan Kapal, Bali Dolphin Cruise 2 memiliki izin membawa maksimal 75 penumpang dan lima awak kapal.
Namun, terdakwa tetap membuat master sailing declaration yang menyatakan jumlah penumpang sesuai dengan batas yang diperbolehkan sehingga kapal mendapatkan izin berlayar.Kelebihan muatan tersebut dinilai turut memengaruhi stabilitas kapal dan meningkatkan risiko kapal terbalik ketika dihantam gelombang besar.
